مرگ مغزی از مسایل مستحدثه فقهی که از بین رفتن کامل فعالیت های مغز اشاره دارد یا به عبارت واضح مرگ مغزی کاملترین مصداق حیات غیرمستقر است و طبق نظر فقهای فریقین مرگ مغزی معادل مرگ قانونی نیست و مادام که قلب و دستگاه تنفس بیمار کار میکند، حتی در صورتی که پزشکان، مرگ مغزی بیمار را تایید نمایند نمیتوان بیمار را مرده پنداشت؛ وانگهی نظر عرف محترم است و عرف به ظاهر و علایم ظاهری بیمار که زنده بودن او را تأیید میکند توجه دارد و از نظر عقلی نیز مرگ مغزی، مرگ تمام اعضای حیاتی و در نتیجه مرگ کامل شخص نیست از دیدگاه پزشکان، بیمار مبتلا به مرگ مغزی، مرده محسوب میشود، اما آیا از نظر فقهی برای بیمار مبتلا به مرگ مغزی، حکم به موت او میشود یا حیات؟ گروهی از فقها همچون محمد فاضل لنکرانی و میرزا جواد تبریزی تشخیص زنده یا مرده بودن را به عرف سپردهاند و عدهای مانند ناصر مکارم شیرازی و حسین نوری همدانی تشخیص آن را برعهده کارشناس متخصص (پزشکان) دانستهاند. برخی مانند محمد مؤمن قمی نیز تشخیص فقیه را در این باره معتبر دانسته است. گروه اول، افراد دچار مرگ مغزی را زنده، دسته دوم مرده و دسته سوم زنده بودن آنها را مشروط به فعالیت قلب به صورت خودبهخود دانستهاند.
بیماران مرگ مغزی دارای احکام خاص هستند. به عنوان نمونه، دفن، کفن و غسل میت این افراد تا زمانی که به مرگ کامل نرسیدهاند، جایز نیست. در جواز پیوند اعضای این بیماران اختلاف وجود دارد. بعضی براین باورند اگر قطع اعضا موجب سرعت بخشیدن به مرگ بیمار شود، جایز نیست و برخی پیوند را در صورتی جایز دانستهاند که به نجات جان مسلمانی منجر شود. از نظر گروهی نیز اگر فعالیت قلب بهوسیله دستگاه باشد نه خودبهخود، قطع اعضا و پیوند جایز است. درباره ادامه معالجه و قطع دستگاههای پزشکی نیز اختلافنظر وجود دارد.